De kritiek richt zich met met name op Huijgen omdat die tot de Christelijke Gereformeerde Kerk (CGK) behoort, waar Bewaar het Pand een onderdeel van is. Er wordt gesproken over een afwijking die volgens de stichting nog ernstiger is dan de vrouw in het ambt waar recent veel discussie over ontstaan is in dezelfde kerk. In 'De Gewone Catechismus' komen tal van vragen omtrent het christelijk geloof ter sprake. Met name vraag en antwoord 25 over Schepping en evolutie is bij Bewaar het Pand in het verkeerde keelgat geschoten:

Wat bedoel je als je zegt dat God de wereld heeft gemaakt – de evolutietheorie zegt toch dat alles spontaan ontwikkeld is?

'Ik geloof dat alles wat bestaat, is voortgekomen uit een idee van God, dat alle variatie tussen planten, dieren en mensen door Hem is bedacht. Of het nu kort of lang heeft geduurd, of alle soorten apart zijn gemaakt of dat ze uit elkaar zijn voortgekomen, dat doet niets af van de liefdevolle bedoeling waarmee God deze wereld, maar ook mij, tot zijn eer gemaakt heeft.'

Het Reformatorisch Dagblad stelde Huijgen de vraag of dit niet een compromistekst betrof. "Juist niet! Dat hele debat over schepping en evolutie wordt momenteel gevoerd met een laatste ernst alsof wanneer de wereld niet in zes dagen van 24 uur gemaakt zou zijn, je alles verliest. Waar het om gaat, is dat deze wereld Gods wereld is en op Hem gericht is."

In het op de website gepubliceerde statement gaat stichting Bewaar het Pand daar fel tegen in. 'Er wordt expliciet ruimte gegeven aan de mogelijkheid van de evolutiegedachte. Het kan namelijk kort of lang geduurd hebben, de soorten kunnen uit elkaar voortgekomen zijn. Hiermee is de evolutiegedachte ingevoerd en geaccepteerd. Dat heeft grote gevolgen. In een artikel in ons blad, dat volgende week verschijnt, zal nader ingegaan worden op de consequenties hiervan.'

'Naar onze inschatting is deze afwijking ernstiger nog dan de zaak over de positie van de vrouw. Ons bestuur neemt deze beide zaken serieus op. Het brengt onze kerken in verwarring. We zijn van mening dat zowel Adam, alsook ten diepste Christus, dreigen te vervagen als deze gedachten terrein winnen.'

De theoloog zelf reageert via Twitter op de kritiek en wil het vooral zien als een "kans om in gesprek te raken". Ook haalt hij een tweet aan over een college dat hij zelf gaf over Bonhoeffer, inclusief een citaat, en stelt hij dat dit college achteraf "best wel goed bij het incasseren van de kritiek van Bewaar het Pand" past. 

Lees ook: Theologen schrijven 'Gewone Catechismus': "Het christelijk geloof is iets waar je echt gelukkig van wordt".